潔凈工作臺是一種可提供局部無塵潔凈、無菌工作環境等級為100級（ISO等級5）的局部操作環境的箱式空氣凈化設備。 
生物安全柜是能防止實驗操作處理過程中某些含有危險性或未知性生物微粒發生氣溶膠散逸的箱型空氣凈化負壓安全裝置。
生物安全柜與潔凈工作臺這兩種設備常容易被混淆，其實兩者之間是有本質區別的。
具體區別如下：

一、分類不同：
1、潔凈工作臺的分類：主要分兩類，一類是水平層流，另一類是垂直層流。根據操作結構分為單邊操作及雙邊操作兩種形式，按其用途又可分為普通潔凈工作臺和生物潔凈工作臺。

2、生物安全柜的分類：按照NSF49標準，生物安全等級1級（P1）的媒質是指普通無害細菌、病毒等微生物；生物安全等級2級（P2）的媒質是指一般性可致病細菌、病毒等微生物；生物安全等級3級（P3）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；

二、用途不同：
1、潔凈工作臺的用途：潔凈工作臺是一種提供局部無塵無菌工作環境的單向流型空氣凈化設備。適用于醫藥衛生、生物制藥、食品、醫學科學實驗、光學、電子、無菌室實驗、無菌微生物檢驗、植物組培接種等需要局部潔凈無菌工作環境的科研和生產部門。

也可連接成裝配生產線具有低噪聲、可移動性等特點。它的使用對改善工藝條件,提高產品質量和增大成品率均有良好效果。

2、生物安全柜的用途：廣泛應用于微生物學、生物醫學、基因工程、生物制品等領域的科研、教學、臨床檢驗和生產中，是實驗室生物安全中防護屏障中基本的安全防護設備。

三、潔凈級別不同：
從潔凈程度來看，生物安全柜比潔凈工作臺高。
潔凈工作臺的優點是操作方便自如，比較舒適，工作效率高，預備時間短，開機10分鐘以上即可操作，基本上可隨時使用。